NS asıl fark DNA ve RNA ekstraksiyonu arasındaki pH seviyesi, DNA ekstraksiyonu pH 8 iken RNA ekstraksiyonunun pH seviyesi pH 4.7'dir. DNA, asidik pH'ta denatüre olma ve organik faza geçme eğilimindedir. Alkalin pH'da, RNA, riboz şekerinde 2' OH varlığından dolayı alkalin hidrolize uğrar.

DNA ve RNA ekstraksiyonu, doku hücrelerinden nükleik asitlerin izolasyonu ve saflaştırılmasında yer alan iki prosedürdür. Her iki prosedür de üç adımdan oluşmaktadır. Kaliteli DNA ve RNA moleküler biyoloji, biyoteknoloji, genomik ve epidemiyoloji deneylerinde kritik bir rol oynar.

Kapsanan Kilit Alanlar

1. DNA Ekstraksiyonu Nedir? - Tanım, Prosedür 2. RNA Ekstraksiyonu Nedir? - Tanım, Prosedür 3. DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Benzerlikler Nelerdir? - Ortak Özelliklerin Anahatları 4. DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Fark Nedir? – Temel Farklılıkların Karşılaştırılması

Anahtar Terimler: Hücre Lizizi, Proteinlerin Denatürasyonu, DNA Ekstraksiyonu, pH, Yağış, RNA Ekstraksiyonu

DNA Ekstraksiyonu Nedir?

DNA ekstraksiyonu, DNA'nın izolasyon ve saflaştırma prosedürüdür. DNA, kandan, donmuş doku örneklerinden veya parafin doku bloklarından izole edilebilir. DNA ekstraksiyonunun üç adımı hücre lizizi, DNA izolasyonu ve çökeltmedir. Hücre lizizi sırasında, hücre zarı ve çekirdeğin zarları gibi hücre zarı bariyerleri, DNA'yı açığa çıkarmak için açılır. Bir sonraki adım, membran lipidlerinin numuneden çıkarılmasıdır. Son olarak, DNA'nın çökelmesi, DNA ile ilişkili proteinlerin proteaz tarafından çıkarılmasını ve RNA'nın RNaz tarafından çıkarılmasını içerir.

Şekil 1: DNA Ekstraksiyon Prosedürü

DNA Ekstraksiyonunun Temel Protokolleri

Aşağıda gösterilenler, DNA ekstraksiyonunun temel protokolleridir.

1. Hücre zarlarını parçalamak için hücre parçalama tamponu ile hücre parçalama

2. Lipitler deterjanlar ve yüzey aktif maddelerle parçalanır

3. Proteaz ekleyerek proteinlerin sindirimi

4. RNaz ekleyerek RNA'nın sindirimi

5. Hücre kalıntılarının, sindirilmiş proteinlerin, lipidlerin ve RNA'nın konsantre tuz eklenerek ve ardından santrifüj edilerek ayrılması

6. DNA'nın buz gibi etanol veya izopropanol ile etanol çökelmesi. Sodyum asetatın iyonik gücü, çökelmeyi iyileştirmek için kullanılabilir. Çöken DNA, nihai çözeltide iplikler olarak görünür.

Şekil 2: Çıkarılan DNA

Fenol-kloroform ekstraksiyonu, DNA'yı proteinlerden ayırmak için de kullanılabilir. Burada fenol numunedeki proteinleri denatüre eder ve ekstraksiyon sonunda DNA sulu fazda kalır. Ve organik fazda, denatüre proteinleri bulabilirsiniz. DNA'yı çıkarmanın başka bir yöntemi de mini sütun saflaştırmasıdır. Burada DNA'nın kolona bağlanması tamponun pH'ına ve tuz konsantrasyonuna bağlıdır.

RNA Ekstraksiyonu Nedir?

RNA ekstraksiyonu, numunelerden RNA'nın saflaştırılması sürecini ifade eder. Geleneksel RNA ekstraksiyonu yöntemine denir. guanidinyum tiyosiyanat-fenol-kloroform ekstraksiyonu. Guanidinium tiyosiyanat proteinleri denatüre eder. Ayrıca su moleküllerinin hidrojen bağlarını bozar ve kaotropik ajan görevi görür. RNA ekstraksiyonunda özel bir reaktif kullanılır. üçlü reaktif. Guanidinyum tiyosiyanat, fenol ve sodyum asetat içerir. RNA ekstraksiyonunun temel adımlarının amacı, DNA ekstraksiyonundakine benzer. RNA ekstraksiyonu için protokol aşağıda açıklanmıştır.

1. Hücrelerin ozmolaritesini korumak için hücreler buz gibi soğuk PBS ile yıkanır.

2. Hücreleri aspire edin ve numuneyi Tri-reaktif ile homojenize edin.

3. Kloroform ekleyin ve çalkalayın.

4. Santrifüjleme üç katmanla sonuçlanabilir. Üst tabaka, berrak olan sulu tabakadır. Orta katman veya interfaz, çökeltilmiş DNA'yı içerir. Alt katman pembe olan organik katmandır.

5. Sulu tabakayı çıkarın ve izopropanol ekleyin. Santrifüjleme bir pelet ile sonuçlanabilir.

6. Pelet %75 etanol ile yıkayın. Pelet havayla kurutun.

7. Peleti TE tamponu veya su ile çözün.

Şekil 3: RNA'nın Fenol-Kloroform Ekstraksiyonu

RNA ekstraksiyonu genellikle 7'nin altındaki pH'da gerçekleştirilir. Alkali pH'da, RNA, riboz şekerinin 2' pozisyonunda bir OH grubunun varlığından dolayı alkalin hidroliz ile bozulmaya daha yatkındır. Ek olarak, RNA asidik pH'ta sulu fazda kalma eğilimindedir. Öte yandan, DNA asidik pH'ta denatüre olma ve organik faza geçme eğilimindedir. Bu nedenle, DNA ekstraksiyonu yaklaşık pH 8'de gerçekleştirilebilir. DNA, deoksiriboz şekerden oluşur ve alkali hidrolize uğramaz.

DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Benzerlikler

DNA ve RNA Ekstraksiyonu Arasındaki Fark

Tanım

DNA Ekstraksiyonu: DNA izolasyonu ve saflaştırma prosedürü

RNA Ekstraksiyonu: Örneklerden RNA saflaştırma işlemi

Çıkarılan Nükleik Asit Türü

DNA Ekstraksiyonu: DNA

RNA Ekstraksiyonu: RNA

pH

DNA Ekstraksiyonu: 8'de bitti

RNA Ekstraksiyonu: 4.7'de yapıldı

adımlar

DNA Ekstraksiyonu: Hücre zarlarının kırılması veya hücre parçalanması, zar lipidlerinin uzaklaştırılması ve DNA'nın çökeltilmesi

RNA Ekstraksiyonu: Hücre lizizi, guanidinyum tiyosiyanat-fenol-kloroform ekstraksiyonu, izopropanol ile hazırlama

DEPC ile Arıtılmış Su Kullanımı

DNA Ekstraksiyonu: Hiçbiri

RNA Ekstraksiyonu: Tüm reaktifler DEPC ile işlenmiş su ile hazırlanır

Depolamak

DNA Ekstraksiyonu: DNA önceden ekstrakte edilebilir ve gruplar halinde saklanabilir

RNA Ekstraksiyonu: RNA ekstraksiyonu, aşağı akış prosedürlerinden hemen önce yapılır

Uzun süreli depolama

DNA Ekstraksiyonu: -20 °C'de

RNA Ekstraksiyonu: -80 °C'de

Çözüm

DNA ekstraksiyonu pH 8'de gerçekleştirilir. DNA asidik pH'da denatüre olurken organik faza geçme eğilimindedir. Ancak, alkali hidroliz ile bozulmayı önlemek için RNA ekstraksiyonu düşük pH'da gerçekleştirilir. Hem DNA hem de RNA ekstraksiyonu adımlarının temel amacı benzerdir. DNA ve RNA ekstraksiyonu arasındaki temel fark, her bir ekstraksiyon türünde kullanılan pH koşullarıdır.

Referans:

1. “DNA Ekstraksiyonunun Temelleri.” Alaska BioPREP Sanal Ders Kitabı, Alaska BioPREP Alaska Fairbanks Üniversitesi, Burada Bulunmaktadır2. “RNA İzolasyonu ve Ters Transkripsiyon Protokolü: Kültürdeki Hücreler.” abcam, Burada Mevcut

Görünüm inceliği:

1. “Şekil 17 01 02” CNX OpenStax tarafından – (CC BY 4.0) Commons Wikimedia aracılığıyla 2. “DNA Ekstraksiyonu” Joo Nath tarafından – Commons Wikimedia aracılığıyla kendi çalışması (CC BY-SA 4.0) 3. “PhOH-CHCl3 ekstraksiyonu” Squidonius tarafından (konuşma) - Commons Wikimedia aracılığıyla kendi eseri (Orijinal metin: kendi kendine yapılan) (Public Domain)