NS asıl fark jel elektroforezi ve SDS PAGE arasındaki jel elektroforezi DNA, RNA ve proteinleri ayırmak için kullanılan bir teknikken SDS PAGE esas olarak proteinleri ayırmak için kullanılan bir jel elektroforezi türüdür. Genel olarak, SDS PAGE, normal jel elektroforezinden daha iyi bir çözünürlük sağlar.

Jel Elektroforez ve SDS PAGE, biyoteknolojide yük ve boyuta göre makromoleküllerin ayrılmasına yardımcı olan tekniklerdir. Tipik olarak, jel elektroforezi, ayırma için agaroz jel bıçaklarını kullanırken, SDS PAGE poliakrilamid jel bıçaklarını kullanır.

Kapsanan Kilit Alanlar

1. Jel Elektroforezi Nedir? - Tanım, Prosedür, Önem 2. SDS SAYFASI Nedir? - Tanım, Prosedür, Önem 3. Jel Elektroforez ve SDS PAGE Arasındaki Benzerlikler Nelerdir? - Ortak Özelliklerin Anahatları 4. Jel Elektroforez ve SDS SAYFASI Arasındaki Fark Nedir? – Temel Farklılıkların Karşılaştırılması

Anahtar Terimler: Agaroz, DNA, Jel Elektroforezi, Poliakrilamid, Proteinler, SDS PAGE

Jel Elektroforezi Nedir?

Jel elektroforezi, DNA, RNA ve proteinler gibi makromoleküllerin parçalarını büyüklüklerine ve yüklerine göre ayıran bir tekniktir. Jel elektroforezi sırasında, makromoleküller, içinden makromoleküllerin hareket ettiği gözenekler içeren bir jel matrisi üzerinde bir elektrik alanının etkisi altında hareket eder. Jel elektroforezi, PCR, RFLP, klonlama, DNA dizileme veya lekeleme tekniklerinden DNA'yı analiz eden genel tekniktir. Nanopartiküller ayrıca jel elektroforezi ile de ayrılabilir. Jel bıçak, deniz yosunundan elde edilen agaroz adı verilen bir polisakkaritten hazırlanır. Agaroz jelleri, bir örümcek ağı gibi birbirine bağlanmış uzun zincirli agaroz moleküllerinden oluşur. Video 1, bir agaroz jelin hazırlanmasını anlatmaktadır.

Hem DNA hem de RNA, monomer nükleotidlerinin her birinde fosfat grupları içerir. Bu nedenle, molekül boyunca eşit negatif yüke sahiptirler. Ayrıca elektrik alanı altında pozitif elektrota doğru göç ederler. Göçün hızı, nükleik asidin boyutuna bağlıdır. Daha kısa moleküller gözeneklerden daha hızlı geçerken, daha büyük olanlar biraz zaman alır.

Şekil 1: Agaroz Jel Üzerindeki DNA Bantları

SDS SAYFASI Nedir?

SDS PAGE (sodyum dodesil sülfat-poliakrilamid jel elektroforezi), yüklü molekülleri boyuta göre ayırmak için kullanılan analitik bir tekniktir. Bu süreçte, proteinleri denatüre ederek izole etmek için SDS kullanılır. SDS bir deterjan olduğu için; proteinlerin üçüncül yapısı onun tarafından bozulur ve katlanmış proteini lineer bir molekül haline getirir. Ayrıca, lineer protein molekülünü düzgün bir negatif yük ile kaplar. SDS PAGE, farklı konsantrasyonlarda iki jelden oluşur. Üst katman, numunelerin yüklendiği istifleme jeli, alt katman ise çözme jeli olarak adlandırılır. İstifleme jelinin poliakrilamid konsantrasyonu %3,5-4'tür (geniş gözenek boyutu) ve proteinleri tek bantta konsantre eder. Çözücü jeldeki poliakrilamid konsantrasyonu %4-20'dir (küçük gözenek boyutu) ve proteinleri boyutlarına göre ayırır. Video 2, bir SDS SAYFASI'nın hazırlanmasını göstermektedir.

SDS PAGE, Western blot gibi sonraki analizlere yardımcı olarak proteinlerin hızlı bir şekilde ayrılmasını sağlar.

Şekil 2: SDS SAYFASINDAKİ Protein Bantları

SDS PAGE'nin çözme gücü normal bir agaroz jelden daha yüksek olduğu için SDS PAGE, 5-500 bp boyutundaki küçük DNA fragmanlarının ayrılmasına yardımcı olur.

Jel Elektroforez ve SDS PAGE Arasındaki Benzerlikler

Jel Elektroforez ve SDS SAYFASI Arasındaki Fark

Tanım

Jel elektroforezi: DNA, RNA ve proteinler gibi makromolekül parçalarını boyutlarına ve yüklerine göre ayırmak için kullanılan teknik

GBF SAYFASI: Boyuta göre yüklü molekülleri ayırmak için kullanılan analitik bir teknik

Kompozisyon

Jel elektroforezi: Tüm jel boyunca eşittir; agarozdan oluşur

GBF SAYFASI: Farklı konsantrasyonlarda iki jel; poliakrilamidden oluşan

Yapılandırmayı Çalıştır

Jel elektroforezi: yatay çalışma

GBF SAYFASI: Dikey çalışma

Döküm Metodolojisi

Jel elektroforezi: Soğudukça ayarlanır

GBF SAYFASI: Bir kimyasal reaksiyonla ayarlar

Gözenek büyüklüğü

Jel elektroforezi: Gözenek boyutu tek tip değildir; agaroz konsantrasyonu arttıkça, gözenek boyutu küçülür

GBF SAYFASI: Gözenek boyutu tekdüzedir; akrilamidin bis-akrilamide oranı gözenek boyutunu belirler

konsantrasyon

Jel elektroforezi: 0.5-2%

GBF SAYFASI: 6-15%

Ayrılma

Jel elektroforezi: 50-20, 000 bp nükleik asitler

GBF SAYFASI: 5-250, 000 Da proteinler

Koşullar

Jel elektroforezi: Genellikle yerel koşullar altında çalışır

GBF SAYFASI: Denatüre edici koşullar

Hazırlık

Jel elektroforezi: Basit

GBF SAYFASI: Karmaşık bir süreç

boyama

Jel elektroforezi: etidyum bromür ile

GBF SAYFASI: Coomassie boyama veya gümüş boyama

Çözüm

Jel elektroforezi, DNA, RNA ve proteinler gibi makromolekülleri boyutlarına göre ayıran analitik bir tekniktir. SDS PAGE, esas olarak denatüre edici koşullar altında proteinleri ayırmak için kullanılan bir jel elektroforezi türüdür. SDS PAGE, normal jel elektroforezi ile karşılaştırıldığında daha yüksek çözme gücüne sahiptir. Jel elektroforezi ile SDS PAGE arasındaki temel fark, ayrılan makromoleküllerin tipi ve prosedürleridir.

Referans:

1. “Jel Elektroforezi.” Khan Academy, Burada Mevcuttur2. “SDS Poliakrilamid Jel Elektroforezi (SDS-PAGE).” Diamantina Enstitüsü, 26 Nisan 2017, Buradan ulaşabilirsiniz

Görünüm inceliği:

1. “Jel elektroforezi 2” Von Mnolf – Commons Wikimedia aracılığıyla Innsbruck, Avusturya'da (CC BY-SA 3.0) çekilen fotoğraf 2. “Coomassie3” Yikrazuul tarafından – Commons Wikimedia aracılığıyla kendi çalışması (CC BY-SA 3.0)