NS asıl fark exome ve transkriptom arasındaki ekzom, genomdaki protein kodlayan genlerdeki tüm ekzonların tam dizisi iken, transkriptom, protein kodlayan genlerden türetilen haberci RNA moleküllerinin koleksiyonudur. Ayrıca, ekzom toplam genom dizisinin %1-2'sini kaplarken, transkriptom hücrenin toplam RNA'sının %4'ünden azını oluşturur.

Ekzom ve transkriptom, genomdaki protein kodlayan genlerdeki iki dizi koleksiyonudur. Her ikisinin de genomik çalışmalarda ve hastalık teşhisinde çeşitli uygulamaları vardır.

Kapsanan Kilit Alanlar

1. Exome Nedir? - Tanım, Gerçekler, Teknikler 2. Transkriptom Nedir? - Tanım, Gerçekler, Teknikler 3. Exome ve Transkriptome Arasındaki Benzerlikler Nelerdir? - Ortak Özelliklerin Anahatları 4. Exome ve Transkriptom Arasındaki Fark Nedir? – Temel Farklılıkların Karşılaştırılması

Anahtar terimler

Ekson, Ekzom, mRNA, Protein Kodlayan Genler, Transkriptom

ekzom nedir

Ekzom, belirli bir organizmanın genomunun protein kodlayan genlerindeki eksonların toplanmasıdır. Genomun kodlama dizisi, proteinler veya RNA için kodlanabilen genler halinde kümelenir. Prokaryotik genomda, kodlama dizisi diğer diziler tarafından kesilmezken, ökaryotik genomda genin kodlama dizisi, intron adı verilen kodlamayan diziler tarafından kesintiye uğrar. Bu nedenle, kümelenmiş kodlama dizilerine eksonlar denir.

Şekil 1: Eksonlar ve İntronlar

Protein kodlayan genlerde, RNA polimeraz, transkripsiyon sırasında prekürsör mRNA'ya ekzonların yanı sıra intronları da kopyalar. Dahil edilen intronlar, aşağıdaki transkripsiyon sonrası modifikasyonlar sırasında çıkarılır. Ekzomun çalışmasında kullanılan ana teknoloji, tüm ekzom dizilemesidir (WES). WES, hedef DNA dizilerini ve ardından dizilemeyi belirlemek için belirli bir genomun parçalanmış DNA'sının hibridizasyonunda yer alır.

Transkriptom Nedir?

Transkriptom, bir hücrede ifade edilen toplam mRNA setidir. Hücrenin toplam RNA'sının %4'ünden azını oluşturur. Transkriptom, proteomun bileşimini belirlediğinden, o hücrenin biyokimyasal kapasitesini belirler. Ayrıca, belirli bir hücrenin transkriptomu sentezlenemez ve hücre bölünmesi sırasında her zaman ana hücreden yavru hücreye gelir. Bu nedenle, RNA üretme süreci olan transkripsiyon, transkriptomun bakımı için adımdır.

Şekil 2: Pluripotent Hücrenin Transkriptomu

Öte yandan, her hücre türün tüm transkriptomunun üretimi için bilgi içerse de, hücrede eksprese eden genler de çevresel faktörlere bağlıdır. Transkriptomların çalışmasında kullanılan iki ana teknoloji, mikroarray ve RNA-seq'dir.

Exome ve Transkriptome Arasındaki Benzerlikler

Exome ve Transkriptome Arasındaki Fark

Tanım

Ekzom, genomun protein sentezi için bilgi kodlayan eksonlardan oluşan kısmını ifade ederken, transkriptom bir organizmanın genlerinde ifade edilen tüm haberci RNA moleküllerinin toplamını ifade eder. Ekzom ve transkriptom arasındaki temel fark, bu nedenle bu tanımdan kendi kendini açıklayıcıdır.

Önemi

Bu nedenle, ekzom, protein kodlayan genlerdeki toplam ekson kümesidir, transkriptom ise hücrede ifade edilen toplam mRNA kümesidir.

DNA veya RNA

Ayrıca, ekzom DNA'dan, transkriptom RNA'dan oluşur.

Miktar

Ekzom toplam genomun %1-2'sini temsil ederken, transkriptom hücrenin toplam RNA'sının %4'ünden azını temsil eder.

Seviye

Ekzom ve transkriptom arasındaki diğer bir fark, transkriptom transkripsiyon seviyesindeyken ekzomun genomik seviyede olmasıdır.

Teknikler

Ayrıca, tüm ekzom dizilimi, ekzomu belirleme tekniğidir, mikrodizi ve RNA dizilimi ise transkriptomu belirler.

Çözüm

Ekzom, genomun WES'si tarafından belirlenen genomdaki ekzonların tamamıdır. Bu nedenle, exome DNA tabanlı bir kavramdır. Ancak transkriptom, hücrenin tüm mRNA'ları kümesi olduğu için RNA tabanlı bir kavramdır. Exome ve transkriptome arasındaki temel fark, kavramlarıdır.

Referans:

1. Warr, Amanda ve ark. "Exome Sıralaması: Mevcut ve Gelecek Perspektifler." G3: Genler|Genomlar|Genetik 5.8 (2015): 1543–1550. PMC. Ağ. 6 Eylül 2018. Burada Mevcuttur2. Kahverengi TA. Genomlar. 2. Baskı. Oxford: Wiley-Liss; 2002. Bölüm 3, Transkriptomlar ve Proteomlar. Burada Mevcut

Görünüm inceliği:

1. “DNA ekzonları intronları” Ulusal İnsan Genomu Araştırma Enstitüsü tarafından – (Kamusal Alan) Commons Wikimedia aracılığıyla 2. “Pluripotent hücrelerin transkriptomları” Grskovic, M. ve Ramalho-Santos, M., The pluripotent transkriptom (10 Ekim, 2008), StemBook, ed. Kök Hücre Araştırma Topluluğu, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. – [1] DirectStemBook Şekil 2 Pluripotent hücrelerin transkriptomları. Grskovic, M. ve Ramalho-Santos, M., The pluripotent transkriptom (10 Ekim 2008), StemBook, ed. Kök Hücre Araştırma Topluluğu, StemBook, doi/10.3824/stembook.1.24.1, http://www.stembook.org. (CC BY 3.0) Commons Wikimedia aracılığıyla