NS asıl fark GFP ve EGFP arasındaki GFP (Yeşil Floresan Protein anlamına gelir), mavi ışığa maruz kaldığında parlak yeşil floresan sergileyen bir proteindir, oysa EGFP (Geliştirilmiş Yeşil Floresan Protein anlamına gelir) GFP'den daha güçlü floresan sergiler. Ayrıca, GFP ve EGFP arasındaki bir diğer önemli fark, GFP'nin denizanası Aequorea victoria'dan izole edilen vahşi tipte bir protein olmasıdır. Ancak EGFP, orijinal vahşi türün tasarlanmış bir çeşididir.

GFP ve EGFP, dahili kromofor görevi gören iki tip proteindir. Rengini sergilemek için herhangi bir yardımcı enzim/substrat, kofaktör veya gen ürünü gerektirmezler. Bu nedenle, her ikisi de moleküler biyolojide gen ekspresyonunun bir habercisi olarak kullanılır.

Kromofor, EGFP, GFP, Yeşil Floresan, Yabani Tip Protein

GFP nedir

GFP (yeşil floresan protein), mavi veya UV ışığı altında yeşil renkte parlayan bir proteindir. Doğal olarak denizanası Aequorea Victoria'da bulunur. GFP, 238 amino asitten oluşur. GFP'nin boyutu 26.9 kDa'dır. GFP, herhangi bir yardımcı molekül içermeyen içsel floresansı nedeniyle moleküler biyolojide güçlü bir araçtır. Floresans, proteinin bitişik amino asitlerinin kovalent yeniden düzenlenmesinden kaynaklanır. Proteinin katlanmasından sonra, ana zincir atomları olan Ser65, Tyr66 ve Gly67, O varlığında yüksek düzeyde konjuge, düzlemsel p-hidroksibenzilidenimidazolinon kromoforunu oluşturur.₂. Kristal yapı çalışmaları, kromoforun molekülün β-varil yapısının çekirdeği içinde paketlenmesinin, onu paramanyetik oksijen, su dipolleri veya cis-trans izomerizasyonu yoluyla söndürmeden koruduğunu ortaya koymaktadır. Ek olarak, kromoforun komşu moleküllerle kovalent olmayan etkileşimleri, spektral özelliklerini geliştirir.

Şekil 1: GFP ve Floroforun Şerit Temsili

GFP, transgenik modifikasyonlar sırasında bir organizmaya dahil edilebilir. Aynı zamanda nesiller boyunca korunabilir. Vahşi tip GFP'nin en büyük dezavantajı, 37 °C gibi fizyolojik sıcaklıklarda düşük verimli katlamanın neden olduğu hücre görüntülemede proteinin etkinliğinin azalması ve flüoresan sinyalinin düşmesidir. Ayrıca, GFP'nin konak hücre içindeki olgunlaşma hızı, kümelenme eğilimindeyken yavaştır. Kromoforun iki farklı formunun varlığından dolayı iki uyarma piki gözlemlenebilir. Bununla birlikte, protein mühendisliği, vahşi tip GFP'nin varyant formlarını tanıtarak sorunların çoğunu çözmüştür.

EGFP nedir

EGFP (gelişmiş yeşil floresan proteini), GFP'ye göre daha yüksek yoğunluklu emisyona sahip vahşi tip GFP'nin bir çeşididir. İlk ve en önemli GFP varyantlarından biridir. İki mutasyon, F64L ve S65T, 37 °C'de daha yüksek katlama verimliliğine sahip EGFP üretir. İlginç bir şekilde, EGFP, yakındaki Glu222'nin iyonize durumunu modüle ettiği için 395 nm tepe noktasının S65T tarafından bastırılması nedeniyle ~490 nm'de tek bir uyarma zirvesine sahiptir. Öte yandan F64L, 37 °C'de katlama verimliliğini artırır. Önemli olarak, EGFP'nin kodon dizisi, memeli hücrelerinde ekspresyon için optimize edilmiştir.

Şekil 2: EGFP İfadesi

GFP ve EGFP Arasındaki Benzerlikler

GFP ve EGFP Arasındaki Fark

Tanım

GFP: Mavi veya UV ışığı altında yeşil flüoresans sergileyen ve doğal olarak denizanası Aequorea Victoria'da bulunan vahşi tip bir protein

EGFP: GFP'ye göre daha yüksek yoğunluklu emisyona sahip vahşi tip GFP'nin bir çeşidi

için duruyor

GFP: Yeşil Floresan proteini

EGFP: Gelişmiş yeşil floresan proteini

Menşei

GFP: Vahşi tip

EGFP: mutant

64^NS Amino asit

GFP: fenilalanin

EGFP: lösin

65^NS Amino asit

GFP: serin

EGFP: treonin

Rengin Parlaklığı

GFP: Parlak yeşil

EGFP: daha parlak yeşil

Uyarma Zirveleri

GFP: İki tepe (395 nm ve 490 nm)

EGFP: Tek tepe (490 nm)

37 °C'de Katlama Verimliliği

GFP: Düşük

EGFP: Yüksek

Çözüm

GFP, mavi veya UV ışığına maruz kaldığında parlak yeşil floresan sergileyen vahşi tip proteindir. EGFP, GFP'ye kıyasla daha yüksek yoğunluklu floresan sergileyen bir GFP çeşididir. Bu nedenle, GFP ve EGFP arasındaki temel fark, her proteinin yaydığı yeşil flüoresansın yoğunluğudur.

Referans:

1. Arpino, James A.J., et al. "Geliştirilmiş Yeşil Floresan Proteinin 1.35 A Çözünürlüğe Sahip Kristal Yapısı Glu222 için Alternatif Konformasyonları Ortaya Çıkarıyor." PLOS Tıp, Halk Bilim Kütüphanesi,journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0047132.

Görünüm inceliği:

1. “Gfp ve florofor” Crystal Protein himayesinde Raymond Keller (Raymond Keller (konuşma)) tarafından. – Commons Wikimedia aracılığıyla kendi çalışmanız (Public Domain) 2. “Fgams ppat egfp puncta” Yazan Zhao A, Tsechansky M, Swaminathan J, Cook L, Ellington AD, et al. (2013) Geçici Olarak Transfekte Edilmiş Purin Biyosentetik Enzimleri Stres Vücutları Oluşturur. PLoS BİR 8(2): e56203. doi:10.1371/journal.pone.0056203 (CC BY 3.0) Commons Wikimedia aracılığıyla